Non, pas du tout car les Doctorat sont tous les mêmes, quel que soit le mode de financement. En d’autres termes, il n’y aura pas écrit sur ton diplôme « cette personne a fait une thèse financée par une bourse CIFRE ». Il me semble que la seule exception concerne les disciplines médicales, qui distinguent les thèses d’exercice (qui permettent, comme leur nom l’indique, d’exercer la profession médicale concernée) des thèses plus orientées vers la recherche pour ceux qui veulent rester dans le milieu universitaire et enseigner. Mais là non plus, ça n’a rien à voir avec le mode de financement.
Il faut aussi que tu saches que l’inverse est vrai : si tu choisis de faire ta thèse sur un financement universitaire (allocation de recherche, monitorat si tu veux donner des cours pendant ta thèse), cela ne te « condamnes » pas à rester dans le milieu universitaire par la suite, tu pourras très bien travailler dans le privé (heureusement d’ailleurs, vu le peu de postes universitaires créés chaque année comparé au nombre de personnes qui soutiennent leur thèse).
Pour répondre à la deuxième partie de ta question, faire une thèse avec une bourse CIFRE dans un laboratoire universitaire est en fait la situation idéale car tu auras des liens à la fois avec le milieu professionnel (et la possibilité de te faire embaucher par l’entreprise qui finance ta thèse) et le milieu universitaire (et la possibilité d’écrire des articles, de les publier, de les présenter dans des conférences, etc.). A la sortie, tu auras donc toutes les options possibles.
Bonne chance dans tes études.